Картинки на тему «Математическая биофизика клетки» |
| Медицинская помощь | ||
| << Нпк медицина качество 2014 декабрь | Развитие проекта тверского специализированного медицинского бизнес-инкубатора >> |
Автор: Boris Kholodenko. Чтобы познакомиться с картинкой полного размера, нажмите на её эскиз. Чтобы можно было использовать все картинки для урока медицины, скачайте бесплатно презентацию «Математическая биофизика клетки.ppt» со всеми картинками в zip-архиве размером 4723 КБ.
Математическая биофизика клетки
содержание презентации «Математическая биофизика клетки.ppt»| Сл | Текст | Сл | Текст |
| 1 | ИЗУЧЕНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-КИНЕТИЧЕСКИХ | 9 | (макро-) описание: 12 переменных и 14 |
| ОСНОВ КАНЦЕРОГЕНЕЗА С ПОМОЩЬЮ | реакций. Механистическое (микро-) | ||
| ДОМЕННО-ОРИЕНТИРОВАННОГО ПОДХОДА Борисов | описание: 18 переменных, 33 реакции. | ||
| Н.М. Федеральный медицинский биофизический | 10 | Суть ДОП: замена «полных» (исходных) | |
| центр им. А.И. Бурназяна ФМБА России. | белков «вспомогательными» белками, которые | ||
| 2 | Международная коллаборация. Thomas | имеют меньше сайтов. Полная (микро-) | |
| Jefferson University (Philadelphia, USA): | модель. Сокращенная (макро-) модель. | ||
| Boris Kholodenko, Anatoly Kiyatkin, Edita | 11 | Модуль автоматического | |
| Aksamitiene, Nikolai Markevich, Jan Hoek, | доменно-ориентированное сокращения моделей | ||
| Marc Birthwitsle et. al. | в среде BioNetGen 2. Borisov et al., IET | ||
| Humboldt-University (Berlin, Germany): | Systems Biol, 2008. | ||
| Stefan Legewie University of Freiburg | 12 | Результат работы | |
| (Germany): Thomas Maiwald University of | доменно-ориентированного модуля для | ||
| Pittsburgh (USA): Jim Faeder RIKEN | BioNetGen 2. Число пермен-ных в микро-/ | ||
| (JAPAN): Mariko Hatakeyama et al. Институт | макро-модели. Число реакций в микро-/ | ||
| биофизики клетки РАН (Пущино, Россия): | макро-модели. Время генерации сигнального | ||
| Н.П.Каймачников, М.Цыганов ФМБЦ им. | пути, сек, для микро-/ макро-модели. Время | ||
| А.И.Бурназяна (Москва, Россия): | интеграции системы ОДУ, сек, для микро-/ | ||
| Н.М.Борисов, А.С.Чистопольский и др. | макро-модели. Egfr-подобный димер. | ||
| 3 | Зачем радиобиологу изучать сигнальные | Egfr-подобный димер. Рецептор с 2 | |
| пути? Судьба клетки определяется временн?й | тирозиновыми сайтами. 708/108. 7432/534. | ||
| зависимостью активации белка-эффектора. | 51.6/8.45. 1.45/0.22. Рецептор с 2 | ||
| Marshall, 1995: Временная зависимость | тирозиновыми сайтами. 6000/135. 81364/642. | ||
| активации ERK определяет судьбу клетки. | 662.0/12.0. 12.58/0.76. Fc?ri-подобный | ||
| Быстро убывающий сигнал приводит к | димер. Fc?ri-подобный димер. Рецептор с 2 | ||
| пролиферации с риском злокачественных | тирозиновыми сайтами. 213/48. 2230/198. | ||
| трансформаций, а продолжительный сигнал | 14.2/3.87. 0.47/0.15. Рецептор с 2 | ||
| способен инициировать экспрессию генов, | тирозиновыми сайтами. 1599/60. 22990/240. | ||
| отвечающих за дифференцировку клеток. | 182.4/6.02. 3.58/0.12. | ||
| Дифференцировка. Пролиферация. Клетка. | 13 | Сочетанное воздействие инсулином и | |
| Апоптоз. | ЭФР. Borisov et al, 2009, Mol Syst Biol, | ||
| 4 | 1,180,980. Проблема комбинаторной | 2009 (submitted). | |
| сложности при математическом моделировании | 14 | Сравнение «независимого» и | |
| сигнальных путей. Сайт. Состояние. L. | «конкурентного» подход в больших моделях. | ||
| Пример: ErbB-рецепторы. Ligand Binding. | Модель. Сигнальный путь ЭФР: независимая | ||
| Bound or Not. 1. 2. Dimer-ization. None or | модель с ДОП, Kiyatkin et al, JBC, 2006. | ||
| 1,2,3,4. 1. 5. Kinase Domain. Active or | Сочетанный путь ЭФР-инсулин: конкурентная | ||
| Inactive. 2. 1. Yarden and Sliwkowski, | модель, Borisov et al, MSB, 2009 | ||
| Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2:127 (2001). | (submitted). Число переменных. Около 200. | ||
| Docking (pY). Y, pY, Bound. 3. 10. У | 78. Число реакций. Около 500. 111. | ||
| сигнальных белков имеется множество сайтов | 15 | «Подгонка» параметров системы: | |
| связывания, каждый из которых может быть в | сочетанный ЭФР-инсулиновый сигнал. | ||
| множестве состояний Каждой комбинации | 16 | Предсказание поведения системы: | |
| состояний сайтов соответствует переменная | деплеция GAB1 c помощью миРНК. | ||
| в системе ОДУ. 21*51*21*310=. Число | 17 | Предсказание поведения системы: | |
| переменных: p. Y. Y. Y. Y. A1. p. Y. Y. p. | ингибирование SHP2. | ||
| A2. Y. Y. p. p. Y. Y. | 18 | Предсказание поведения системы: | |
| 5 | Пример: Многосайтовый белок GAB1. PH: | деплеция Src. | |
| Pleckstrin Homology MBS: Met Binding | 19 | Философский вопрос: нужны ли большие | |
| Sequence P: Proline Rich Domains GBS: Grb2 | модели в биологии. 1. Вычислительная | ||
| Binding Sequence. Schaeper et al., J. Cell | математика «выросла» из «прямых» задач | ||
| Biol., 2000. | (таких, как задача Коши и др.), для | ||
| 6 | Состояния комплекса из нескольких | решения которых «законы природы» были | |
| рецепторов и адапторов. | известны и просты (законы Ньютона в | ||
| 7 | Bionetgen 2, среда для | физике, закон действующих масс в химии). | |
| программирования кинетических систем (jim | 2. В биологии «законы природы» сложнее и | ||
| faeder, upitt). Step2: Network generation | не всегда известны, поэтому для их | ||
| (net-file). Step3: ODE solving. Step 1: | исследования почти всегда приходится | ||
| Model specification (BNGL-file). | решать «обратные» зачади вычислительной | ||
| Parameters. Parameters. Blocks: Blocks: | математики. | ||
| Species (list of all species ). Species | 20 | Проблема свободных параметров. 4. | |
| (seed). Reactions. Reaction rules. Groups | Астрономия началась с неверной гипотезы о | ||
| (species and their weights for each | «законах природы» (геоцентризм). Она, тем | ||
| observable). Observables (patterns). | не менее, укладывалась в тогдашние | ||
| 8 | Два предельных случая. Абсолютно | наблюдения. 5. К эпохе Возрождения | |
| конкурентное связывание партнеров на | возникла проблема несоответствия | ||
| многоцентровых белках. Удобно для | наблюдаемых данных и птолемеевского | ||
| моделирования: нет комбинаторной сложности | геоцентризма. 6. В эпоху Возрождения было | ||
| Абсолютно независимое связывание партнеров | предложено два подхода к астрономии – | ||
| на многоцентровых белках. Необходимы | пересмотр парадигмы | ||
| методы уменьшения числа переменных! | (Коперник-Кеплер-Ньютон) и подгонак | ||
| Промежуточный случай – наличие | свобюодных параметров под геоцентризм | ||
| аллостерических взаимодействий между | (Тихо Браге. | ||
| партнерами (с точки зрения моделирования | 21 | Проблема свободных параметров. 7. | |
| самый неудобный): основной метод – | Любую математическую модель можно | ||
| ограничение числа молекул в комплексе. | «втиснуть» в совокупность | ||
| 9 | Доменно-ориентированный подход к | экспериментальных данных за счет свободных | |
| сокращению числа переменных. Borisov et | параметров, но ценность такой модели | ||
| al., Biophys J, 2005; biosystems, 2006: S | сомнительна. 8. Значит, ценная | ||
| – многосайтовый адаптор, R – рецепторная | математическая модель должна давать | ||
| тирозин-киназа, A1 and A2 – партнеры белка | нетривиальные экспериментально проверяемые | ||
| S. Если связывание A1 and A2 происходит | предсказания после подгонки свободных | ||
| независимо, то: Доменно-ориентированное | параметров. | ||
| Математическая биофизика клетки.ppt | |||
Математическая биофизика клетки
«Молекулярно-кинетическая теория» - Молекулярная физика. Электронный микроскоп. Ионный проектор. Основные понятия МКТ. Химический элемент- совокупность атомов одного вида. Основные положения молекулярно-кинетической теории. Частицы вещества взаимодействуют друг с другом. Доказательства первого положения МКТ. Доказательства третьего положения МКТ.
«Объектно-ориентированное программирование» - Зарплата 1. Концепция. 2. Что такое методы класса? Предпосылки и история. Уделяем внимание лишь важным аспектам Пример : преподаватель - студент. Содержание. Реализация методов класса. Вопрос 3. Описание класса в Delphi. Зарплата. 2. Что такое полиморфизм? Рост сложности программ. Этапы развития программирования.
«Личностно-ориентированное обучение» - Развитие познавательных сил. Способы усвоения и процессы мышления. Развитие творческих способностей. Целью российского образования в настоящее время. Усвоение знаний. Функции педагога: Какие задания можно использовать. Педагогические технологии на основе личностно-ориентированного подхода. Задача школы.
«Молекулярная биология» - Промотор имеет 2 консервативные последовательности: 1)бокс Прибнова или -10 последовательность. Цистронная организация гена. Ген отвечает за развитие конкретного признака (один ген – один признак). Тема: Молекулярная биология гена. Ген. Исследования на фагах кишечной палочке сальмонелле грибках. Регуляторные последовательности, функции.
«Медицинская помощь при травмах» - Профилактика травм опорно-двигательного аппарата. Оказание первой медицинской помощи при переломе костей таза. Поддерживайте проходимость дыхательных путей. Наложить на поврежденное место тугую повязку. На рану в области перелома наложить стерильную повязку. Доставить пострадавшего в медицинское учреждение.
«Первая медицинская помощь» - Первая помощь при ранениях мягких тканей головы. Виды ран. Повязки при переломах. Бывают поверхностные и глубокие. Колотые Резаные Рубленые Ушибленные Огнестрельные. Частичная противохимическая обработка и введение антибиотиков, противостолбнячной сыворотки. При шоке и большой кровопотере производится струйное переливание крови.
