Без темы
<<  Информационное неравенство в России: измерение и государственная политика, направленная на его преодоление Клеточные структуры и их функции  >>
Как найти последовательность, кодирующую Ваш белок
Как найти последовательность, кодирующую Ваш белок
Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot
Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot
GenBank
GenBank
Типы записей нужной ДНК в GB
Типы записей нужной ДНК в GB
Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot
Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot
International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)
International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)
Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot
Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot
RefSeq
RefSeq
GenBank versus RefSeq
GenBank versus RefSeq
Другие типы поиска нужной ДНК в GB
Другие типы поиска нужной ДНК в GB
Genbank: название белка
Genbank: название белка
Результаты поиска
Результаты поиска
Поиск с указанием полей (Nucleotides)
Поиск с указанием полей (Nucleotides)
Результаты поиска
Результаты поиска
Результаты поиска (другой белок)
Результаты поиска (другой белок)
Как добиться исчерпывающего списка
Как добиться исчерпывающего списка
Стандартная запись GB: типы презентации данных
Стандартная запись GB: типы презентации данных
Стандартная запись для прокариотического гена
Стандартная запись для прокариотического гена
Стандартная запись GB: Features
Стандартная запись GB: Features
Стандартная запись GB: Sequence
Стандартная запись GB: Sequence
Стандартная эукариотическая запись GB (mRNA)
Стандартная эукариотическая запись GB (mRNA)
Стандартная эукариотическая запись GB (genomic)
Стандартная эукариотическая запись GB (genomic)
Features only
Features only
Как восстановить последовательность мРНК
Как восстановить последовательность мРНК
Представление альтернативно сплайсируемых изоформ данного белка
Представление альтернативно сплайсируемых изоформ данного белка
Как добавить свои данные в GB
Как добавить свои данные в GB
Unigene – база данных кластеризованных транскриптов
Unigene – база данных кластеризованных транскриптов
Expression profiles (UniGene)
Expression profiles (UniGene)
Unigene – последовательности
Unigene – последовательности

Презентация: «Как найти последовательность, кодирующую Ваш белок». Автор: irena. Файл: «Как найти последовательность, кодирующую Ваш белок.ppt». Размер zip-архива: 1754 КБ.

Как найти последовательность, кодирующую Ваш белок

содержание презентации «Как найти последовательность, кодирующую Ваш белок.ppt»
СлайдТекст
1 Как найти последовательность, кодирующую Ваш белок

Как найти последовательность, кодирующую Ваш белок

Как найти последовательность ДНК, кодирующую Ваш белок: Ссылки из белковых баз данных Прямой поиск в GB Related Sequences Как читать запись GenBank: Прокариотическая последовательность Эукариотическая Как положить последовательность в GenBank UniGene

2 Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot

Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot

3 GenBank

GenBank

Сначала в Los Alamos National Lab, затем (начало 1990х) - в NCBI Включает исходные данные сиквенса последовательностей ДНК Последовательности поставляются напрямую экспериментаторами, которые отсеквенировали и проаннотировали данную последовательность Только эти авторы отвечают за точность данных – записи не курируются Изменить запись впоследствии (исправить или уточнить) может только автор или тот, кому он это позволит – случается очень редко! (=>) Одному локусу ДНК может соответствовать несколько различных записей GenBank

4 Типы записей нужной ДНК в GB

Типы записей нужной ДНК в GB

Genomic DNA: ген целиком = фланки + UTRs + экзоны + интроны mRNA: UTRs + кодирующая последовательность = все экзоны CDS: только кодирующая последовательность Всевозможные сегменты genomic DNA EST: маленькие кусочки транскриптов Очень длинные последовательности геномной ДНК, “контиги”, включающие много генов одновременно, вплоть до целого генома или хромосомы

5 Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot

Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot

6 International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)

International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)

= GenBank (NCBI) + EBI (EMBL) + DNA Data Bank of Japan (DDBJ) Обмениваются информацией ежедневно => общее содержание Используют разные форматы для представления данных

7 Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot

Поиск последовательности нужной ДНК: по ссылке в Swiss-Prot

8 RefSeq

RefSeq

Курированная база данных NCBI, включающая ДНК, РНК и белковые последовательности Содержит одну запись для одной реальной молекулы Запись включает самую точную и полную аннотации из всех записей GB, соответствующих этой молекуле Записи довольно часто обновляются Широкий, но ограниченный спектр модельных организмов (4 000 из 250 000 организмов в GB) База пополняется за счет других организм-специфичных баз данных Использует тот же формат записи, что и GB

9 GenBank versus RefSeq

GenBank versus RefSeq

10 Другие типы поиска нужной ДНК в GB

Другие типы поиска нужной ДНК в GB

По accession number из других источников (статей) По названию белка По названию белка и организму По названию белка в названии GB записи По ключевым словам Related Sequences

11 Genbank: название белка

Genbank: название белка

12 Результаты поиска

Результаты поиска

13 Поиск с указанием полей (Nucleotides)

Поиск с указанием полей (Nucleotides)

Hsp27 [protein name] – 6 hits Hsp27 [protein name] AND human [organism] – 2 hits Hsp27 [Title] – 58 hits Hsp27 [Title] human [organism] – 5 hits Название белка может варьировать! (например, “HSP27” или “Hsp27 ERE-TATA-binding protein” )

14 Результаты поиска

Результаты поиска

15 Результаты поиска (другой белок)

Результаты поиска (другой белок)

16 Как добиться исчерпывающего списка

Как добиться исчерпывающего списка

17 Стандартная запись GB: типы презентации данных

Стандартная запись GB: типы презентации данных

18 Стандартная запись для прокариотического гена

Стандартная запись для прокариотического гена

19 Стандартная запись GB: Features

Стандартная запись GB: Features

20 Стандартная запись GB: Sequence

Стандартная запись GB: Sequence

21 Стандартная эукариотическая запись GB (mRNA)

Стандартная эукариотическая запись GB (mRNA)

22 Стандартная эукариотическая запись GB (genomic)

Стандартная эукариотическая запись GB (genomic)

23 Features only

Features only

24 Как восстановить последовательность мРНК

Как восстановить последовательность мРНК

Это можно воспринимать, как алгоритм: Взять последовательность с 282 nt (или раньше) по 561 nt из AF018429.1 Приписать к ней справа последовательность с 1034 nt по 1172 nt из AF018429.1 Добавить к тому, что получилось (снова справа) последовательность с 560 nt по 651 nt из AF018430.1 Затем добавить нуклеотиды с 1ого по 45ый этой записи Приписать справа нуклеотиды с 658 по 732 из AF018432 … Или … просто нажать на ссылку по надписи mRNA ?

25 Представление альтернативно сплайсируемых изоформ данного белка

Представление альтернативно сплайсируемых изоформ данного белка

Митохонриальная и ядерная dUTPase мРНК mRNA AF018429 AF018430 AF018431 AF018432 Mitochondrial <282-561 560-651 1-45 658-732 1034-1172 884-954; 1391-1447> Nuclear <1018-1172 560-561 1-45 658-732 884-954; 1391-1447>

26 Как добавить свои данные в GB

Как добавить свои данные в GB

Зачем? информация в community; Журналы требуют это ДО публикации Долго ли это? 2 рабочих дня Данные могу быть закрыты до выхода статьи (по запросу) Что нужно? Последовательность, ее описание (аннотация), описание источника

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Genbank/submit.html

27 Unigene – база данных кластеризованных транскриптов

Unigene – база данных кластеризованных транскриптов

28 Expression profiles (UniGene)

Expression profiles (UniGene)

29 Unigene – последовательности

Unigene – последовательности

«Как найти последовательность, кодирующую Ваш белок»
http://900igr.net/prezentacija/algebra/kak-najti-posledovatelnost-kodirujuschuju-vash-belok-227774.html
cсылка на страницу
Урок

Алгебра

35 тем
Слайды
900igr.net > Презентации по алгебре > Без темы > Как найти последовательность, кодирующую Ваш белок