Секвенаторы нового поколения от Roche Diagnostics для биомедицины

Секвенаторы нового поколения от Roche Diagnostics для биомедицины

Кбн Салим Смаилов 22 мая 2012

Секвенирование (расшифровка) ДНК фундамент современной биомедицины,

мощный инструмент, дающий массу возможностей для специалистов

Днк

Пиросеквенатор модель «GS FLX+»

Производительность : 800 Млн нукл Длительность запуска : 23 час Длина считываемого фрагмента ДНК: до 1000 нукл Точность: 99,9 % Мин кол-во ДНК: 250 нг

Технология пиросеквенирования Один фрагмент ДНК на один микрошарик

One bead

One fragment

One well

One read

Каждый фрагмент связывается с 1 микрошариком

Исходная ДНК фрагментируется

После эмульсионной ПЦР микрошарики несущие ДНК помещаются в микроячейки

При синтезе ДНК происходит детекция пирофосфата и излучение света

Световые сигналы образуют точную последовательность

4

Программное обеспечение доступно 1 обученному оператору

Преимущества технологии Roche Длина считываемого фрагмента: самая

быстрая сборка считываний отдельной ДНК длиной до 800-900 нуклеотидов без пробелов Качество: технология Roche точно определяет каждый нуклеотид Размер фрагмента и качество считывания: позволяют быструю и точную сборку последовательности исследуемой ДНК и выявление всех мутаций

Быстрая сборка без пробелов

Фрагмент ? Контиг ? Скаффолд ? Последовательность

7

Coverage

www.roche-applied-science.com

Выводы по расшифровке генома супертоксичного летального штамма E. coli

O104 в 2011 г Последовательность полученная в HPA (Великобритания) на пиросеквенаторе Roche принята как референсная Точная идентификация и расположение генов устойчивости к антибиотикам и гена шигеллы (вставка гена фага Stx2 размером 62 кБ в WrbA ген кишечной палочки) – что было невозможно на других системах - Ion Torrent и Illumina Показано что плазмиды образуют слитную структуру Исправлены неправильные сборки - После нескольких дней неудачных попыток собрать точный геном эксперты использовали расшифровку на пиросеквенаторе Roche, что заняло несколько минут

www.454.com

www.454.com

Секвенирование генома человека

Геном неандертальца

Анализ участков генома связанных с болезнями

Индивидуальные геномы

Структурные Вариации

>1

500 публикаций в ведущих мировых журналах

Секвенирование для медицины Разработка IVD тестов

Для диагностики наиболее значимым является таргетное секвенирование, те целевых участков Ультраглубокое секвенирование для онкологии, типирования HLA, лейкемии

Выявление мутаций, приводящих к лейкемии в генах TET2, CBL, KRAS и

RUNX1

Набор реагентов для гена RUNX1 Набор реагентов для генов TET2, CBL, KRAS Для секвенаторах моделей GS Junior and GS FLX Выявление мутаций частотой 1% и менее с 500 -кратным покрытием

Типирование HLA высокого разрешения на пиросеквенаторах Roche

Коммерческие наборы Roche для выявления совместимости донора и пациента методом высокоточного секвенирования

Тест системы для секвенирования

Гематология / Онкология TET2, RUNX1, KRAS, CBL, NRAS, MPL, JAK2; Готовятся к выпуску: ATM, BCR-ABL1, CEBPA, EGFR, EZH2, FLT3, MLL, NPM1, P53, WT1

Генетика человека: Рак груди и яичника: BRCA 1/2 Муковисцидоз

Анализ солидных опухолей: BRAF, C-KIT, EGFR, EML-ALK, FGFR1, Her2, HRAS, PIK3CA, PTEN, NRAS

Преимущества пиросеквенаторов Roche для медицины

Высокая производительность - до 1 млн. прочтений за один запуск Длинные прочтения - до 1000 нуклеотидов Определение редких соматических мутаций (до 1%) Раздельное секвенирование аллелей - гаплотипирование

« Секвенирование генома остается лучшим средством для предсказания

„семейных“ заболеваний, таких как рак. Детальное изучение генома пациента помогает понять механизм протекающего заболевания и подобрать индивидуальную терапию» Берт Фогельштайн (Bert Vogelstein), Профессор онкологии Центра по изучению рака Johns Hopkins Kimmel «Science Translational Medicine, 2012»

Норвежские специалисты намерены секвенировать геном каждого

онкологического больного, чтобы назначить ему персонализированную противораковую терапию. Ола Майклбост (Ola Myklebost) University Hospital, Норвегия, май 2012

430 пиросеквенаторов GS FLX+ по всему миру

WHERE IN THE WORLD IS

Oslo, Norway

Helsinki, Finland

Liege, Belgium

Saskatoon, Canada

Winnipeg, Canada

London, England

Prague, Czech Republic

Montreal, Canada

Berlin, Germany

Tacoma, Washington

Moscow, Russia

New Haven, Connecticut

Seoul, Korea

Paris, France

Rome, Italy

Stanford, California

Philadelphia, Pennsylvania

Ankara, Turkey

Tokyo, Japan

Rockville, Maryland

Lincoln, Nebraska

Shanghai, China

Cantanhede, Portugal

Delhi, India

Okayama, Japan

Columbia, South Carolina

Los Angeles, California

Heraklion, Greece

Caesarea, Israel

Gainesville, Florida

Las Cruces, New Mexico

Taipei, Taiwan

Cairo, Egypt

Jeddah, Saudi Arabia

Mexico City, Mexico

Pathum Thani, Thailand

Hyderabad, India

Belem, Brazil

Singapore

Nairobi, Kenya

Chincha Alta, Peru

Brasilia, Brazil

Sydney, Australia

Perth, Australia

Sao Paulo, Brazil

Durban, South Africa

Rosario, Argentina

Melbourne, Australia

Dunedin, New Zealand

Более 200 пиросеквенаторов GS Junior по всему миру

WHERE IN THE WORLD IS

Oulu, Finland

Munich, Germany

Tallinn, Estonia

London, England

Copenhagen, Denmark

Ontario, Canada

Geneva, Switzerland

Corvallis, Oregon

Warsaw, Poland

Branford, Connecticut

Seoul, Korea

Marcy L’etoile, France

New York, New York

Mountain View, Cali

Graz, Austria

Tokyo, Japan

Barcelona, Spain

Beltsville, Maryland

Denver, Colorado

Osaka, Japan

Nashville, Tennessee

La Jolla, California

Wenzhou, China

Atlanta, Georgia

Taipei, Taiwan

Houston, Texas

Riyadh, Saudi Arabia

Hong Kong, China

Quezon City, Philippines

Queensland, Australia

Auckland, New Zealand

Perth, Australia

Sao Paulo, Brazil

Cape Town, South Africa

Спасибо за внимание